آیت‌الله نوری‌همدانی در پیامی درگذشت آقای منتظری که به گفته او "مدتی از عمر خود را نیز در مبارزه با طاغوت گذراندند" را، به بازماندگان او تسلیت گفت.
آیت‌الله صافی گلپایگانی هم با صدور پیامی، ارتحال آقای منتظری را ضایعه مهم علمی برای حوزه‌های علمیه و روحانیت دانست.
اما نکته تامل برانگیزی که در پیام های تسلیت برخی مراجع تقلید و بزرگترین تشکل روحانی کشور به چشم می خورد، اشاره به مواضع آقای منتظری در سال‌های پایانی عمر امام خمینی(ه) است که در تقابل با تاکیدات امام راحل بود.
رهبر معظم انقلاب هم در پیام تسلیت خود، این برهه حساس از زندگی منتظری را با عنوان "امتحانی دشوار و خطیر" یاد و از خداوند متعال خواستند که آن را با پوشش مغفرت و رحمت خویش بپوشاند.
پس از پیام رهبر انقلاب، آیت‌الله مکارم شیرازی، از دیگر مراجع عظام تقلید نیز، همزمان با تسلیت ارتحال آقای منتظری، حمایت‌های او از برادر دامادش، مهدی هاشمی، که اتهامات فراوانی متوجه او بود را این چنین مورد اشاره قرار داد: "بخشی از مواضع ایشان مخصوصا در اواخر حیات امام راحل قدس سره مورد قبول نبود."
با این حال او نیز همانند رهبری از خداوند برای آقای منتظری طلب رحمت کرد.
رویکرد منتظری در تقابل با امام راحل، در پیام تسلیت بزرگترین تشکل روحانی کشور نیز مورد اشاره قرار گرفت.
اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با صدور پیامی ارتحال آقای منتظری را تسلیت گفت اما در عین حال در بخشی از پیام خود عنوان کرد که "مواضع ایشان در سال‌های پایانی عمر پربرکت امام راحل(ره) و پس از آن، خاطرات تلخی را پدید آورد."
این موضوع باعث شد که جامعه مدرسین در ادامه برای مرحوم منتظری آرزوی "غفران الهی" کند.
گفتنی است آقای منتظری پس از یک زندگی پر فراز و نشیب سیاسی، سرانجام نیمه شب 29 آذر دنیا را وداع گفت.
بنابر اظهارات شخصیت های مختلف، حساس ترین بخش زندگی آقای منتظری به اواخر حیات امام راحل بر می گردد که حمایت‌های او از برادر دامادش، مهدی هاشمی، که حتی به جرم خود نیز اعتراف کرد، باعث شد که امام خمینی (ه) او را قائم مقامی خود عزل و به کناره گیری از عرصه سیاست توصیه کند.